La Iglesia parroquial de Nuestra Señora de la Encarnación data del año 1505. Destacan el artesonado mudéjar del presbiterio y la nave central. La capilla del Sagrario, construida en 1721, presenta una cúpula rococó de cierto mérito. La torre, posterior a la construcción de la iglesia, aunque también data del siglo XVI, encaja dentro del estilo mudéjar.
La Iglesia de Comares es el monumento más sobresaliente de su historia. Recién conquistada la villa, formó parte de la llamada “vicaría de Málaga”.
Con el paso de los años la iglesia de Comares ha sufrido determinadas reparaciones y ampliaciones, sobre todo a finales del siglo XVII, y durante el XVIII, ampliándose la sacristía en 1721, fecha en que se hizo la capilla del Sagrario.
La portada principal de la iglesia se orienta al Sur. Detrás de la cabecera hay un patio que en otros tiempos sirvió de cementerio. La iglesia consta de tres naves, siete arcos apuntados con chaflán de arquivolta y cuatro pilares con resalto y solería de nazarí ordinario. La techumbre es de gran mérito. Consta de una artesa muy bien conservada, con ricas grecas geométricas y motivo de lazo central con mocárabe. Cuenta con cinco tirantas pareadas, las extremas metidas en obra, contando además con ménsulas estilo renacimiento. Según documentación, este artesanado se hizo en el siglo XVI y la madera se trajo de Cartagena.
La capilla mayor es cuadrada, con techumbre a cuatro aguas, con cuadrantes y piña. Las vigas de las naves laterales descansan en canecillos de madera. Tanto el artesanado de la nave central como el del presbiterio son de estilo mudéjar. El retablo mayor fue en otro tiempo de gran mérito, pero éste fue destruido en 1931. En 1948 fue reconstruido en su totalidad. La capilla lateral del Sagrario consta de una sola cúpula esférica, recargada de adornos. Exteriormente forma una torre octogonal.
Se cree que la capilla y la torre del Sagrario fueron edificadas por un marino, por promesa que hizo al encontrarse en peligro de naufragar.
Audio Iglesia Nuestra Señora de la Encarnación. 
